Détection du SARS-CoV-2 dans les eaux usées à l'aide de la PCR numérique par gouttelettes, par David Szlag, Ph.D.
Surveillance
David Szlag, Ph.D.
Université d'Oakland
La ddPCR est plus sensible que la qPCR et plus résistante aux inhibitions (substances qui interfèrent avec la réaction).
Avant la pandémie de COVID-19, quel était votre rôle ou domaine de recherche principal ?
J'étudiais l'ADN environnemental (ADNe) et suivais la source des microbes, y compris les cyanobactéries et les toxines qu'elles produisent, dans les eaux de plaisance.
Dans quelle mesure votre région a-t-elle été touchée par la pandémie ?
Le sud-est du Michigan a été durement touché lors de la première vague d'avril. À la fin du mois de septembre 2020, la région avait signalé plus de 75 000 cas confirmés ou probables.
Comment ce projet de traitement des eaux usées est-il né ? Qui a eu cette idée et quand ?
Cette initiative consiste en un projet coopératif entre Aquasight LLC, Macomb Public Works et l'Université Oakland. Aquasight qui est une entreprise privée est à l'origine de cette initiative.
Quel était le principal objectif ? Qu'espériez-vous déterminer ou réaliser ?
Nous espérions optimiser les tests et saisir les cas symptomatiques et asymptomatiques au niveau local à travers la surveillance des eaux usées.
Quelles plates-formes ddPCR Bio-Rad avez-vous utilisées pour effectuer vos recherches ?
QX200 [Droplet Digital PCR System] et le générateur de gouttelettes.
Pourquoi avez-vous choisi d'utiliser la technologie ddPCR pour mesurer le SARS-CoV-2 ?
La ddPCR est plus sensible que la qPCR et plus résistante à l'inhibition (substances qui interfèrent avec la réaction).
Quelle était la portée du projet – par exemple, combien de personnes se trouvaient dans la zone de captage des eaux usées ?
Notre projet initial s'est concentré sur une communauté de 120 000 personnes. Nous l'avons élargi à deux universités de plus de 200 000 étudiants, une ville de 120 000 habitants, une commune de 20 000 personnes et deux établissements pénitentiaires.
Quels ont été les principaux résultats / conclusions de votre projet ?
Nous avons examiné la littérature pour déterminer dans quelle mesure le SARS-CoV-2 se répand dans les eaux usées et nous avons examiné le taux de cas cliniques dans la région. Nous avons constaté qu'il semble y avoir cinq fois plus de cas dans le sud-ouest du Michigan que ceux rapportés par les analyses cliniques.
Comment pensez-vous que l'analyse des eaux usées utilisant le ddPCR pourrait aider à arrêter la propagation du SARS-CoV-2 dans différentes communautés ?
Nous avons développé un système pour télécharger rapidement nos données sur un tableau de bord. Les responsables de la santé publique peuvent l'utiliser pour suivre les cas, gérer les tests, faire des annonces publiques, gérer les stratégies de déconfinement et, à l'avenir, guider la campagne de vaccination.
PCR numérique
La technologie unique de PCR numérique par gouttelettes de Bio-Rad fournit une quantification absolue des acides nucléiques pour un large éventail d'applications, y compris les études de mutation cancéreuse, la quantification du VIH et la surveillance de l'environnement.
Plus de témoignages
Découvrez comment des scientifiques du monde entier surveillent la propagation du SARS-CoV-2 au niveau communautaire à travers l'analyse des eaux usées.
Tami Sivy, Ph.D.
Saginaw Valley State University (SVSU), Michigan
La Dre Sivy explique comment la PCR numérique par gouttelettes a été utilisée pour surveiller les taux d'infection par le SARS-CoV-2 dans les villes à travers l'analyse des eaux usées.
Rachel Noble, Ph.D.
Université de Caroline du Nord à Chapel Hill
La Dre Noble, présente au travers de son expertise dans le traitement des échantillons dans des milieux difficiles et sa connaissance approfondie des agents pathogènes viraux dans les eaux usées, comment la PCR numérique par gouttelettes a aidé à développer des protocoles pour l’analyse des eaux usées.
Carol Wilusz, Ph.D.
Université d'État du Colorado (CSU)
La Dre Wilusz décrit comment son équipe a utilisé la technologie de PCR numérique par gouttelettes, en collaboration avec d'autres chercheurs, pour surveiller les niveaux de COVID-19 dans les stations de traitement des eaux usées du Colorado.
Dr Paul J. Parsons, Ph.D.
Université de Sheffield, Royaume-Uni
Le Dr Parsons explique comment la technologie de PCR numérique par gouttelettes a aidé à détecter le SARS-CoV-2 dans les eaux usées du Yorkshire afin d'identifier précocément les potentielles contaminations.
Dre Krista Wigginton, Ph.D.
Université du Michigan
La Dre Wellington explique comment son équipe a pu développer des méthodes fiables pour mesurer le SARS-CoV-2 dans les solides primaires à l'aide de la technologie ddPCR, et leur capacité à saisir la dynamique de l'épidémie de COVID-19 dans le comté de Santa Clara, en Californie, au cours des premières semaines de la pandémie.
Surveillance des eaux usées pour détecter la présence de SARS-COV-2
Etant donné que les individus symptomatiques ou asymptomatiques, infectés par le SARS-CoV-2 excrètent de l’ARN viral dans le réseau des eaux usées, ces réseaux nous permettent de fournir une surveillance en temps réel de la propagation du virus au niveau local ; et de servir potentiellement de système d’alerte précoce pour détecter les contaminations de COVID-19 et prévenir la propagation du virus.
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