QX200™ Droplet Digital™ PCR システム

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QX200 Droplet Digital PCR システム

概要


成功例

Droplet Digital™ PCR opens new perspectives in HIV research.Sangamo BioSciences, Inc. は、独自開発のジンクフィンガー DNA 結合タンパク質技術を使用し、HIV を機能的に完治させるための治療法を開発しています。
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A novel way to accurately measure copy number variations in the human genome:Dr. Steve McCarroll、Harvard Medical School の Genetics 部門および Broad Institute of Harvard and MIT。
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Droplet Digital™ PCR Publications

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Cancer
 
mRNA quantification and expression
Copy number variation
Mutation detection
Droplet Digital PCR methods/ analytical performance
Next-generation sequencing library quantification/validation
Environmental studies
Pathogen detection (microbe/viral)
Epigenetics
Plasma/cell-free DNA
Gene expression  

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QX200™ Droplet Digital™ パンフレット

Droplet Digital PCR (ddPCR™) は、バイオ・ラッド独自のデジタル PCR テクノロジーを採用しています。

  • 比類のない精度により、検量線を作製することなくターゲット DNA または RNA 分子の絶対定量を行うことができます。
  • 拡張性と実用性に優れています。

QX200 ddPCR システムは、研究の更なる発展に
貢献できます。

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QX200™ Droplet Digital™ (ddPCR™) のデータ
BRAF V600E Mutation の検出

高感度の QX200 システムを用いて、野生型 DNA の存在下で、PrimePCR ddPCR アッセイを使用して解析した BRAF V600E Mutation の定量が可能。A 野生型/変異型の混合物のトリプリケートを QuantaSoft™ ソフトウェアの 2D プロットをを用いて解析した。黒色のクラスターはネガティブなドロップレット、緑色のクラスターは野生型 DNA のみポジティブなドロップレット、青いクラスターは変異型 DNA のみポジティブなドロップレット、オレンジ色のクラスターは変異型/野生型共にポジティブなドロップレットを示す。B 野生型のトリプリケートを解析した結果。C 野生型DNAに対する変異型DNAの割合を測定した。オレンジ色のマーカーは変異型 DNA の割合を表す。青いマーカーと緑色のマーカーは、変異型 DNA の濃度 (コピー/µl) と野生型 DNA の濃度 (コピー/µl) をす。サンプルはトリプリケートで測定した。QuantaSoft ソフトウェアのエラーバーは、95% 信頼区間を表す。



Herpes Simplex Virus および β2 Microglobulin の検出

ddPCR では、デュプレックスアッセイにより Herpes Simplex Virus 1 (HSV-1) および ß2 Microglobulin (B2M) を高精度かつ優れた再現性で検出できます。A 20,000 コピー/ウェルの Β2M と 10,000 コピー/ウェルの HSV-1 の定量結果。トリプリケートをマージして測定した。黒色のクラスターはネガティブなドロップレット、緑色のクラスターは HSV-1 のみポジティブなドロップレット、青いクラスターは B2M のみポジティブなドロップレット、オレンジ色のクラスターは HSV-1 および B2M 共にポジティブなドロップレットを示す。B 20,000 コピー/ウェルの B2M のバックグラウンド (66ng の human gDNA に相当) 中における、0 ~ 40,000 コピーの HSV-1 の希釈系列の定量結果。トリプリケートをマージして測定した。青いマーカーと緑色のマーカーは、それぞれ HSV-1 の濃度 (コピー/µl) と B2M の濃度 (コピー/µl) を示す。QuantaSoft ソフトウェアのエラーバーは、95% 信頼区間を表す。




骨髄球腫症腫瘍遺伝子および β-globin のコピー数の検出

QX200 システムは、コピー数 (CN) を高精度に定量できます。A myelocytomatosis oncogene (MYC) および β-globin (HBB) サンプルを duplex で測定した。黒色のクラスターはネガティブなドロップレット、緑色のクラスターは MYC のみポジティブなドロップレット、青いクラスターは HBB のみポジティブなドロップレット、オレンジ色のクラスターは MYC および HBB 共にポジティブなドロップレットを示す。B 1~13 までのコピー数を duplex で定量した結果。QuantaSoft ソフトウェアのエラーバーは、95% 信頼区間を表す。NTC、テンプレートコントロールなし。



次世代シーケンシングによる検証

ddPCR は、RNA-Seq による検証と比較して、感度がほぼ 1,000 倍以上で増幅バイアスのないアプローチを提供します。A Bio-Rad 製’ iScript™ Advanced cDNA Synthesis Kit を使用して作製した cDNA を、2 倍希釈で定量した。2 つの独立した実験を実施した。1 つは高濃度側、もう 1 つは低濃度側にて実験を行い、4 点についてはオーバーラップさせた。B ddPCR と MiSeq の比較。ddPCR は、100 ng の total RNA を用いて、低発現の転写産物 (TBP および GUSB 遺伝子) を数千コピー/ウェルという濃度で検出した。一方で、MiSeq はこれらの転写産物に関して 1 ケタ台の RPKM (reads per kilobase per million reads) しか検出できなかった。



幹細胞マーカーの遺伝子発現解析

高感度・高精度な QX200 システムは希少な転写産物の小さな量差を定量できる。TGFβ シグナル経路は、卵巣の幹細胞の制御において役割を果たしている。TGFβ は幹細胞数の増加をもたらすため、幹細胞マーカーの発現は増加し、E-cadherin (ECAD) などの最終分化マーカーの発現は減少する。データは、TGFβ、TGFβ 処理を行った/行っていない 10 個のサンプルに関する、cKITCD133OCT3/OCT4、および ECAD 遺伝子の発現レベルを示している。この実験では、PPIA 遺伝子でノーマライズした。20 µl の反応系で、0.5 ~ 1 ターゲット/µl の濃度まで再現性良く定量できた。S: sample




QX200 Droplet Digital PCR (ddPCR™) システムは、EvaGreen またはプローブを用いたデジタル PCR アプリケーションに対応した、ターゲット DNA または RNA 分子の絶対定量を実現します。

QX200 Droplet Digital PCR システムの利点

  • 広範囲の用途に対応した高精度かつ高感度なデジタル PCR ソリューション
  • 柔軟性に優れたデジタル PCR のケミストリー — TaqMan プローブおよび EvaGreen アッセイ用に対応
  • 柔軟なアッセイの設計が可能 — 高感度または高スループットに向けての高い拡張性
  • 1 ランで 96 サンプルという高いスループット、シンプルなワークフロー
  • QX200 Droplet Digital テクノロジーによるドロップレットへの反応溶液の分配が、増幅効率と PCR 阻害剤からのバイアスを低減
  • 便利なアッセイデザイン — 検量線が不要

QX200 Droplet Digital PCR システムのパフォーマンスデータをご覧ください。

さまざまな研究分野での Droplet Digital システムの応用の詳細につきましては、Success Stories videosをご覧ください。

Droplet Digital PCR 参照ライブラリには、科学雑誌の記事、ポスター、BioRadiations の記事、およびバイオ・ラッドの tech note へのリンクがあります。

QX200 Droplet Digital PCR システムの用途

  • 癌バイオマーカーやコピー数多型の検出
    さまざまな程度の癌変異の測定、希な DNA ターゲットのコピー数の検出、および CNV の測定を優れた感度および分解能で行います。

  • 病原体検出
    高精度な検出を実現する QX200 システムを用いることにより、病原体の検出およびモニタリングにおいて、ターゲット DNA または RNA の小さい量の変化を定量できます。

  • 次世代シーケンシング
    検量線を作製することなく、NGS ライブラリの絶対定量を行うことができます。

  • 遺伝子定量解析
    低含量の mRNA および miRNA における小さい変化を、再現性良く測定できます。

  • 環境モニタリング
    QX200 システムを使用して、土や水などの広範囲の環境サンプルを測定します。

  • 食品検査
    検証済みの ddPCR 法を使用して、遺伝子組み換え生物 (GMO) の評価を実施します。

Droplet Digital PCR テクノロジーとワークフロー

QX200 システムは主に 2 つの構成品 (Droplet Generator と Droplet Reader) および、関連する試薬・消耗品により構成されます。

QX200 Droplet Generator は、PCR 反応を 20,000 個のナノリットルサイズのドロップレットに分画するために使用されます。サーマルサイクラーを用いて PCR を行った後に、各サンプルのドロップレットは QX200 Droplet Reader により 1 つ 1 つの蛍光を検出されます。ドロップレットは Droplet Reader のニードルにより吸い上げられ、シンギュレーターによりエマルション化したドロップレットを開けて 1 列にされ、検出系により 2 色の蛍光を検出されます。1 回のランで最大 96 個のサンプルまで処理できます。各ドロップレットをポジティブ / ネガティブと直接カウントすることにより、絶対定量を実現します。あるいは、シーケンシングやクローニングなどの下流のアプリケーションのために、PCR を行った後で増幅された産物をドロップレットから抽出することもできます。

QX200 Droplet Digital PCR システムのワークフロー

Additional Instruments

QX200 Droplet Digital PCR システムでは、96 Deep Well リアクションモジュールを備えた C1000 Touch™ サーマルサイクラーと、PX1™ PCR Plate Sealer を使用する必要があります。

必要なアクセサリー

EvaGreen または TaqMan 加水分解プローブ用 ddPCR 試薬

詳細情報

QX200 システムの機能の詳細については、QX200™ Droplet Digital™ PCR システムパンフレット (bulletin 6311) をご覧いただくか、バイオ・ラッドの販売担当者までお問い合わせください。

サンプル容量、µl 20
QX200 Droplet Generator 1 ランあたりのサンプル処理数 1 ~ 8 サンプル
20 µl サンプルあたりのドロップレット数 20,000
励起光源 2LED
検出器 MPPC (Multipixel Photon Counters)
検出チャネル FAM (EvaGreen)、HEX (VIC)
ダイナミックレンジ 5 オーダー
精度 ±10%
読み取り区画数 ~10,000以上/サンプル
QX200 Droplet Generator サイズ (W x D x H) 28 x 36 x 13 cm (11 x 14 x 5")
QX200 Droplet Reader サイズ (W x D x H) 66 x 52 x 29 cm (26 x 20 x 11")
QX200 droplet reader capacity 1–96 samples
x

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QX200 Droplet Digital PCR System with C1000 Touch

1864001J1
Droplet Digital™ PCR System, includes droplet generator, droplet reader, laptop computer, C1000 Touch Thermal Cycler, software, associated component consumables, for EvaGreen or probe-based digital PCR applications

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QX200 Droplet Digital PCR システム(PX1 プレートシーラー付)

1864001J2
EvaGreen及びプローブアッセイを用いたデジタルPCRアプリケーションを提供。QX200 Droplet Digital PCRシステム、Automated Droplet Generatorシステム、解析ソフト、PX1 プレートシーラーを含む。

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QX200 Droplet Digital PCR システム(サーマルサイクラーおよびプレートシーラー付)

1864001J3
EvaGreen及びプローブアッセイを用いたデジタルPCRアプリケーションを提供。QX200 Droplet Digital PCRシステム、Automated Droplet Generatorシステム、解析ソフト、C1000 Touch サーマルサイクラー + 96 Deep Well モジュール、PX1 プレートシーラーを含む。

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QX200 Droplet Digital PCR システム

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Droplet Digital™ PCR システムには、EvaGreen またはプローブベースの digital PCR 用途向けの Droplet Generator、Droplet Reader、ラップトップコンピューター、ソフトウェア、および関連する消耗品が含まれています。

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QX200 Droplet Generator

1864002JA
Droplet generator for EvaGreen or probe-based digital PCR applications, for use with QX200™ Droplet Digital™ PCR System

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QX200™ Droplet Reader

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Droplet reader for EvaGreen or probe-based digital PCR applications, for use with the QX200™ Droplet Digital™ System

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QuantaSoft™ Software, Regulatory Edition

1864011JA
QuantaSoft Software, バージョン 1.7, Regulatory Edition, QX100™ および QX200™ Droplet Digital™ PCR (ddPCR™) システム用

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C10561 QX200 Droplet Digital PCR System 製品カタログ クリックしてダウンロード
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10047467 Instruction Manual, QuantaSoft™ Version 1.7 Regulatory Edition Software, Ver C クリックしてダウンロード
10023997 Instruction Manual, PX1 PCR Plate Sealer, Rev A クリックしてダウンロード
10021377 Instruction Manual, C1000 Touch Thermal Cycler, Rev B クリックしてダウンロード
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6451 Droplet Digital PCR: Guidelines for Multiplexing Using Bio-Rad’s QX100 Droplet Digital PCR System Application Note, Rev A クリックしてダウンロード [ Add to Cart (Free) ]
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6319 Third Generation PCR: A Novel Way to Accurately Measure Copy Number Variations in Human Genome [Harvard laboratory interview]. BioRadiations, Featured Stories, February 9, 2012 クリックしてダウンロード
6318 Droplet Digital PCR Opens New Perspectives in HIV Research [Sangamo BioSciences, Inc. laboratory interview]. BioRadiations, Solutions, June 15, 2012 クリックしてダウンロード
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6277 Probing Copy Number Variations Using Bio-Rad's QX100 Droplet Digital PCR System, Rev A クリックしてダウンロード
6578 Droplet Digital™ PCR: Multiplex Detection of KRAS Mutations in Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Colorectal Cancer Samples Application Note, Rev A クリックしてダウンロード [ Add to Cart (Free) ]
6679 Droplet Digital™ PCR: Multiplex Screening of KRAS Mutations in Cell-Free DNA Colorectal Cancer Samples Application Note, Rev A クリックしてダウンロード
6681 Discriminating Copy Number Variation from Heterogeneous Samples Using the S3™ Cell Sorter and the QX200™ Droplet Digital™ PCR System Application Note, Rev A クリックしてダウンロード
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